Der Bachchor Eisenach wurde 1925 von Rudolf Mauersberger gegründet.
Er wollte mit ihm alljährlich die großen Werke Bachs aufführen und so eine regelmäßige Bachpflege an der Georgenkirche, in welcher der Komponist getauft worden ist, schaffen. Nach fünf Jahren wurde Rudolf Mauersberger als Kreuzkantor nach Dresden berufen und leitete den Dresdener Kreuzchor.
Sein Bruder Erhard Mauersberger übernahm 1931 als Kantor an der St. Georgenkirche zu Eisenach die Leitung des Bachchores. Zudem war er Landeskirchenmusikdirektor der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Thüringen und gründete die Thüringer Kirchenmusikschule auf dem Eisenacher Hainstein, war damit ihr erster Direktor.
Er prägte in mehr als 30 Jahren seines Wirkens die Entwicklung des Bachchores entscheidend. Erhard Mauersberger wurde zum Thomaskantor nach Leipzig berufen und leitete den Thomanerchor.
Herbert Peter wurde 1961 Landeskirchenmusikdirektor und Kantor an St. Georgen, übernahm die Stelle des Direktors der Thüringer Kirchenmusikschule und führte weiter, was Rudolf Mauersberger und sein Bruder geprägt hatten.
Die Aufführungen der Oratorien von Bach in der Advents- und Passionszeit waren längst zu Höhepunkten des Eisenacher Kulturlebens geworden. Zu hören waren auch Werke der Klassik und Romantik, auch manches kirchenmusikalische Werk von Herbert Peter wurde durch den Bachchor Eisenach uraufgeführt.
Friedrich Hönsch übernahm 1984 wegen Herbert Peters Erkrankung bis zum Amtsantritt von Ekkehard Knechtel kommissarisch das Dirigat des Chores.
Im Herbst 1984 wurde Kirchenmusikdirektor Ekkehard Knechtel Kantor an der Georgenkirche in Eisenach und Leiter des Eisenacher Bachchores mit einer Gesamtstärke von ca. 80 Chormitgliedern.
Neben den regelmäßigen Aufführungen der Bach’schen Johannes- und Matthäus-Passion und des Weihnachts-Oratoriums kamen große oratorische Werke anderer Komponisten durch den Bachchor zur Aufführung (u.a. Brockespassion – Händel, Lukaspassion – Telemann, Messias – Händel, Elias – Mendelssohn-Bartholdy, Requiem – Mozart und Brahms, Oratorium: Die letzten Dinge – Louis Spohr, Messe f-Moll – Anton Bruckner, Stabat Mater – Dvorák).
Seit Dezember 2002 leitet Christian Stötzner (seit Oktober 2006 Kirchenmusikdirektor) die kirchenmusikalische Arbeit an Johann Sebastian Bachs Taufkirche. Die durch Ekkehard Knechtel eingeführte Regelmäßigkeit von Kantaten im Gottesdienst werden bewusst weitergeführt.
Seine Fähigkeit, Repertoire und musikalisches Können des Laienchors nahe der Professionalität zu führen, begeistert und beflügelt viele Chorsänger.