Der Eisenacher Bachchor wurde 1925 von Rudolf Mauersberger gegründet.
Er wollte mit ihm alljährlich die großen Werke Bachs aufführen und so eine regelmäßige Bachpflege an der Georgenkirche, in welcher der Komponist getauft worden ist, schaffen. Nach fünf Jahren wurde Rudolf Mauersberger als Kreuzkantor nach Dresden berufen und leitete den Dresdener Kreuzchor.
Sein Bruder Erhard Mauersberger wurde 1931 in Eisenach sein Nachfolger.
Erhard Mauersberger prägte in mehr als 30 Jahren seines Wirkens die Entwicklung des Bachchores entscheidend. Erhard Mauersberger wurde zum Thomaskantor nach Leipzig berufen und leitete den Thomanerchor.
Herbert Peter führte 1961 weiter, was Rudolf Mauersberger und sein Bruder geprägt hatten.
Die Aufführungen der Oratorien von Bach in der Advents- und Passionszeit waren längst zu Höhepunkten des Eisenacher Kulturlebens geworden. Zu hören waren auch Werke der Klassik und Romantik, auch manches kirchenmusikalisches Werk von Herbert Peter wurde durch den Bachchor Eisenach uraufgeführt.
Friedrich Hönsch übernahm 1984 wegen Herbert Peters Erkrankung bis zum Amtsantritt von E. Knechtel kommisarisch das Dirigat des Chores.
Im Herbst 1984 wurde Ekkehard Knechtel Kantor an der Georgenkirche in Eisenach und Leiter des Eisenacher Bachchors mit einer Gesamtstärke von ca. 80 Chormitgliedern.
Neben der regelmäßigen Aufführungen der Bachschen Johannes- und Matthäus-Passion und des Weihnachts-Oratoriums kamen große oratorische Werke anderer Komponisten durch den Bachchor zur Aufführung (u.a. Brockespassion – Händel, Lukaspassion – Telemann, Messias – Händel, Elias – Mendelssohn-Bartholdy, Requiem – Mozart und Brahms, Oratorium: Die letzten Dinge – Louis Spohr, Messe f-Moll – Anton Bruckner, Stabat Mater – Dvorák).
Seit Dezember 2002 leitet Christian Stötzner die kirchenmusikalische Arbeit an Johann Sebastian Bachs Taufkirche. Die durch Ekkehard Knechtel eingeführte Regelmäßigkeit von Kantaten im Gottesdienst werden bewusst weitergeführt.
Seine Fähigkeit, Repertoire und musikalisches Können des Laienchors nahe der Professionalität zu führen, begeistert und beflügelt viele Chorsänger.